O inÃcio da biblioteca se deu com a Faculdade de Medicina, situada na Avenida Comendador Araújo, passando, posteriormente, para a Praça Santos Andrade. Foi construÃda com os esforços de seus fundadores e professores. A pedra fundamental foi lançada com toda a solenidade no dia 31 de agosto de 1913, em terreno doado pela Câmara Legislativa de Curitiba. A Faculdade de Medicina, sob a direção de Victor do Amaral e Nilo Cairo, foi submetida à inspeção federal em 1921, sendo reconhecida em 1922. A Biblioteca da Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Paraná foi organizada pela Sra. Stephania Augusta Splawa Neyman, a qual não havia cursado Biblioteconomia, uma vez que naquela ocasião ainda não existia o curso na universidade.
A Faculdade de Medicina ficou até o final de 1972 instalada na praça Santos Andrade. Já era dos planos da Faculdade de Medicina do Paraná, à época da restauração da Universidade do Paraná em 1946, e de sua federalização em 1950, a construção de um Hospital Universitário. As obras do hospital foram iniciadas em 1949, no governo Moysés Lupion. À época da federalização, em 1950, estavam em vias de conclusão as obras do bloco hospital central. No final de 1952, o Conselho Universitário realizou entendimento com o Governo do Estado visando a passagem do Hospital para seu patrimônio, já que, por falta de verbas, a construção havia sido paralisada. A lei estadual nº 1.212 autorizou o Governo a realizar a transferência, na gestão Bento Munhoz da Rocha Neto. Anexos ao bloco central de 15 pavimentos, foram projetados e construÃdos 5 anexos, dentre os quais a biblioteca.
Em maio de 1964 a bibliotecária Maria Maeder Gonçalves assumiu a biblioteca por um perÃodo de um ano e alguns meses. Em janeiro de 1966 a bibliotecária Suzana Guimarães Castilho assumiu a responsabilidade pela biblioteca.
A bibliotecária Suzana esteve na Inglaterra pelo perÃodo de um ano, recebendo treinamento especÃfico para organizar bibliotecas de hospitais-escola e contava com subsÃdios para a formação de um acervo básico, selecionando tanto tÃtulos de livros, quanto tÃtulos de periódicos médicos. Ainda na Inglaterra, recebeu a doação de 10 anos de coleções retrospectivas dos periódicos The Lancet e British Medical Jornal, encadernados, (1950-1959), doação efetuada pela Wellcome Foundation.
Devido à escassez de verbas o inÃcio foi difÃcil, mas, ao longo de poucos anos, a comunidade usuária foi sentindo a necessidade de expansão da biblioteca e a Direção do Hospital de ClÃnicas (HC) passou a destinar verbas substanciais para a sua manutenção, principalmente a partir da gestão do Prof. Heinz Rücker, 1967-1968, com isto chegou a assinar 600 tÃtulos de periódicos estrangeiros. O HC mantinha a residência médica, por esta razão a ênfase da coleção se fixou em periódicos, que melhor garantiam a atualização, em comparação com monografias e livros. Logo, foram criados cursos de pós-graduação exigindo ainda maior atualização e especificidade da literatura médica.
No final da década de 1960, esteve em visita ao HC o Prof. Amador Neghme, então Diretor da Bireme, que ficou bem impressionado com a riqueza da coleção periódica. Empenhou-se, desde esta época, para que a biblioteca atuasse como subcentro da Bireme para os estados do Paraná e Santa Catarina, mediante convênio. Para tanto, era necessário que a UFPR assumisse o compromisso formal da manutenção das assinaturas de periódicos e contratasse pessoal, tanto técnico como de apoio. Durante anos a UFPR, temendo não poder honrar estes compromissos, relutou em firmar o referido convênio o qual somente foi assinado em 1977, quando a Biblioteca do HC já havia passado a ser denominada Biblioteca de Ciências da Saúde, como unidade integrante do Sistema de Bibliotecas da UFPR (SiBi/UFPR). Não obstante, em alguns anos anteriores, a Biblioteca já participava como membro da Rede Bireme, informalmente, prestando os mesmos serviços ofertados pelos demais subcentros.
Em 1970, a bibliotecária Suzana esteve nos Estados Unidos, em férias, e visitou duas importantes bibliotecas médicas: a National Library of Medicine, onde recebeu orientações quanto à utilização de livreiros para facilitar a importação de periódicos, destes contatos resultou a utilização, durante vários anos, dos serviços da empresa EBSCO que foi a que ofertou melhores propostas. Outra biblioteca visitada foi a Francis A. Countway Library da Faculdade de Medicina de Harvard, em Boston. Suzana aproveitou a oportunidade para fazer um levantamento dos tÃtulos de livros fundamentais da coleção reserva dessa biblioteca. Em seu retorno, conseguiu junto à Direção do HC autorização para que fossem adquiridos, o que foi feito, para grande satisfação de seus usuários.
Considerando o aspecto financeiro, a saÃda da biblioteca do HC para o Setor significou um impacto negativo na estruturação da mesma, pois a verba anual da biblioteca que era de aproximadamente Cr$186.000,00, passou a Cr$20.000,00. O HC se viu desobrigado quanto a manutenção da biblioteca, embora tivesse que contar com a mesma para a renovação do credenciamento da residência médica. Apoiados neste fato, com muito esforço, foi-se obtendo, ano a ano, a verba necessária para a continuidade das assinaturas dos periódicos, assim como ampliação do acervo. A partir de 1979, começaram os cortes nas assinaturas de periódicos que foram reduzidas a 50% do total de tÃtulos adquiridos anteriormente. Surgiram também muitas dificuldades de ordem burocrática no que se refere a importação e, por um curto perÃodo, a aquisição de material estrangeiro foi efetuada por intermédio de convênio com a FUNPAR.
Em 1985, a bibliotecária Suzana recebeu treinamento para acesso computadorizado à literatura biomédica na Universidade de Cincinnati, novamente como cumprimento de cláusula do convênio celebrado entre a UFPR e aquela Universidade. Somente em junho de 1988 a biblioteca recebeu da OPAS/Bireme equipamento de computação, inclusive uma leitora de CD-ROM. Além de Suzana, as bibliotecárias Clarice e Selma Conte e outras duas funcionárias de apoio, Patricia e Maria Rita, receberam da Bireme treinamento para utilização destes equipamentos e iniciou-se assim a comutação on-line, bem como os levantamentos bibliográficos em CD-ROM e também on-line em conexão com a Bireme. A biblioteca, que antes era subcentro, passou a ser denominada Centro Cooperante da Rede Bireme. A bibliotecária Selma Conte recebeu, em São Paulo, treinamento para iniciar a indexação, na base de dados Lilacs, do material cientÃfico gerado pela UFPR na área de Saúde, bem como toda a literatura periódica desta área publicada no Estado do Paraná.
A biblioteca conta com bibliotecárias como chefes desde 1992 quando assumiu a bibliotecária Ãurea Costin permanecendo até abril de 1993, em maio de 1993 assumiu a bibliotecária Vera Regina Belo Chagas permanecendo até abril de 1995, quando assumiu a bibliotecária Selma Conte, ficando na chefia até novembro de 1997, sendo sucedida pela bibliotecária Rita Maria Pendacin, a qual ficou na chefia da biblioteca até janeiro de 2001 quando assumiu a bibliotecária Lilia Maria Bittar Neves, ficando no cargo até abril de 2017. Em maio de 2017 assume a chefia da biblioteca a bibliotecária Cristiane Sinimbu Sanchez.
Em 2001, a Biblioteca passou por uma reforma geral tanto na sua estrutura fÃsica como nos móveis, na época foram adquiridos 3 microcomputadores, 12 mesas de usuários com 74 cadeiras, 8 estações de trabalho, 8 cadeiras para funcionários, 6 mesas para microcomputador com 6 cadeiras para mesa.
Em 2002, foi lançada a campanha “Pratique Cidadania†que teve por objetivo conscientizar o usuário de sua importância no desenvolvimento do acervo da biblioteca, promovendo doações de livros e revistas, pois o acervo estava bastante desatualizado, com bastantes reclamações por parte dos usuários. Neste mesmo ano foi implantada a caixa de sugestão dos usuários que permanece até hoje e muito contribui para mudanças na biblioteca, tanto nos serviços e produtos como na gestão da unidade.
Em 2003, a Biblioteca concluiu o registro automatizado de seu acervo de livros, disponibilizando aos usuários o catálogo on-line pelo sistema de gerenciamento de bibliotecas VIRTUA, utilizado à época pelo SiBi-UFPR. Neste mesmo ano, a Biblioteca de Ciências da Saúde / Sede implementou o serviço de comutação, o qual permitia o atendimento à distância via e-mail. Em 2004, foi concluÃdo o registro automatizado dos materiais especiais (folhetos, CD-ROM e monografias), os quais passaram a fazer parte do catálogo on-line. Em 2005, iniciou-se a inclusão automatizada do acervo de periódicos.
A partir do lançamento do Portal de Periódicos da Capes, os periódicos impressos foram gradativamente sendo substituÃdos pelo acesso ao Portal, o que significou certo impacto no cotidiano dos usuários que precisaram passar por um processo lento de adaptação. Os usuários tiveram que lidar, ainda, com a substituição do Index Medicus pelo acesso ao Portal da PubMed. Essas mudanças do catálogo on-line, do acesso a periódicos no formato digital, os index que passam a ser acessados pelos portais, fizeram com que os usuários e bibliotecários percebessem que a era digital estava instalada na Biblioteca.
No perÃodo de 2005 a 2009 a biblioteca priorizou: o registro automatizado de seu acervo retrospectivo (teses anteriores a 1970 e livros do século XIX), concluindo as teses em final de 2009 e a ampliação do número de computadores para os usuários de modo a facilitar o acesso a informação. Neste perÃodo, em 2008, foram adquiridos os primeiros e-books, sendo um deles o Harrison´s, livro básico para a clÃnica médica.
A partir de 2010, a Biblioteca começou a disponibilizar seus serviços e produtos on-line e ampliou a comunicação à distância com seus usuários, por meio das ferramentas mais utilizadas: redes sociais e blog. Neste ano, houve também a transferência dos cursos de Enfermagem e Terapia Ocupacional para a Biblioteca de Ciências da Saúde – Botânico, sendo, conjuntamente, transferido os acervos correspondentes a essas áreas. Em 2011, o acervo da Biblioteca passou a ser especializado na área médica visando atender o curso de Medicina e as especialidades do Hospital de ClÃnicas da UFPR.
Em 2013, a Biblioteca realizou uma grande comemoração em razão do aniversário de 100 anos de existência, festejando seu principal objetivo perseguido ao longo deste perÃodo, a saber: “subsidiar a formação médica no Estado do Paraná, promovendo o acesso e uso da informação técnico-cientÃfica na área de Ciências da Saúdeâ€.
A partir do ano de 2017, a Biblioteca passou a intensificar agenda de cursos, capacitações, palestras, eventos e treinamentos, de modo a capacitar a comunidade acadêmica do Setor de Ciências da Saúde e do Complexo Hospital de ClÃnicas para a elaboração de estratégias de buscas e pesquisa bibliográfica em fontes de informação eletrônicas, para o uso de ferramentas que facilitem o gerenciamento da pesquisa acadêmica, assim como em temas relacionados ao desenvolvimento de pesquisa na área de Ciências da Saúde.